こんにちは。
もっと詳しい方がいるでしょうが私のやり方です。
それで全く何も知らないという前提ですから
多少の失礼は勘弁してください。
まず何かお絵かき系のソフトはお持ちですか？
パソコンにも付属の物がありますが動作が遅かったりするので
ひとつべつに入手することをお勧めします。

良く使われているのはフォトショップですね。
製品版は１０万くらいすると思うのですが
タブレットなどのおまけに体験版が入っており
漫画絵なら十分間に合います。

私の使っているのはかこう絵という塗り絵ソフトで
子どもが使うものです。
レイヤーがありませんが私は十分間に合っています。
一ヶ月は無料で使えますが３０００円します。

もうひとつはpictbearというフリーソフトです。
非常に良く使われています。
ただです、これはありがたい。

http://ca.oocities.com/kakavege2001/
ソフトのダウンロード元は上記のＵＲＬにあります。

下の絵はpictbearで加工しました。

ファイル・・・twin機器からの入力
表示のツールで筆の種類を、
モードレスダイアログでさまざまな調整が出来ます。

私は初めからバケツを使う気でいますので
線が切れ目のない様にそこだけしっかり描いています。
薄めの色で塗りつぶしスプレーや水彩で陰影をのせます。

フィルター・・・カラーの中に反転がありこの絵は加工をしています。
イメージ・・・イメージのサイズ変更で画像サイズは変えられます。

多少の汚れは下書きの段階であれば
コントラストをあげるだけで消えますよ。
私はさらに絵板に投稿して
トーンや覆い焼きや焼きこみをすることもあります。

ひとつのソフトで間に合わなくとも
複数のただの物で間に合うこともあるので
趣味の範囲であれば十分楽しめるのではないでしょうか？