Après beaucoup de débats sur le sujet à savoir si Digimon Chronicle serait une série télévisée ou non, il a été annoncé que ce sera seulement un manga, où l'ont introduit Kouta Doumoto et son partenaire digimon Dorumon. Comme on le sait, V-Tamer se termine bientôt, et digimon Chronicle est apparamment la suite de V-Tamer.

L'ordinateur central, "igudorashiru" controllait le monde digital. Les données du digimonde devinrent saturées et les "Digital hazard" arriverent. (le signe "hazard" sur Guilmon + Lucemon).

Igudorashiru essaya alors de créer un nouveau digimonde et il créa un nouveau programme, le programme X, pour effacer les digimons inutiles, de façon à ce que seulement les plus puissants survivent, en changeant leur "digicore". (core signifie noyau central)

L'anticorps X a le pouvoir de rendre les digimon plus puissants. Les digimons l'utilisent pour survivre dans le monde digital et une nouvelle évolution apparait alors... L'évolution X! L'anticorps X est aussi ce qui a créé le Digivice de Kouta, permettant a Dorumon de se digivolver.