Il y a très longtemps, les Esprits de l'Humain et de la Bête se batterent les uns contre les autres, mais Lucemon les arrêta et devint le maître du monde digital. Il se révolta and les 10 ancients Digimons prirent contrôle des Esprits et le tuerent. Seraphimon, Kerpymon (Cherubimon) et Ophanimon furent mis en charge du Digimonde.

Peu de temps après, Kerpymon, un des trois anges gardiens, se révolte et menace de détruire le Digimonde. Quelques méchants digimons trouve certains Esprits de l'humain et de la Bête. Takuya, Junpei (J.P.), Izumi (Zoe) et Tomoki (Tommy) vont dans le Digimonde et Takuya trouve Le H-Spirit of Fire (l'esprit Humain du Feu). Kouji et Kouichi arrive alors dans le Digimonde et Kouji trouve le H-Spirit of Light (l'esprit Humain de la Lumière), et Kouichi va de son propre côté trouve le H-Spirit of Darkness (l'esprit Humain de la Noirceur), et se fait alors corrompre par Kerpymon.

Tomoki trouve le H-Spirit of Ice (l'esprit Humain de la glace), Izumi le H-Spirit of Wind (l'esprit Humain du Vent), et Junpei trouve le H-Spirit of Thunder (l'esprit Humain du Tonnerre). Grumblemon, propriétaire des Earth Spirits (esprits de la terre), sépare le group un peu après que Kouji se soit joint à eux.

Les enfants finissent par se réunir et découvre alors l'existance des B-Spirits (les esprits de la Bête). Kouji va de son côté et découvre le B-Spirit of Light (l'esprit de la Bête de la Lumière), mais a quelques difficultés à le controller.

Grumblemon prends le H-Spirit or Wind et Ice (esprit Humain du Vent et celui de la Glace). Takuya trouve alors le B-Spirit of Fire (l'esprit de la Bête du Feu) et n'a aucun control dessus au début! Une fois qu'il parvient à le controller, he réussit à détruire Gigasmon (évolution de Grumblemon), et prends son Spirit (celui de la Terre) et aussi celui de la glace.

Les digisauveurs arrive dans la Fôret Terminal et rencontre Seraphimon, mais les méchants guerriers l'attaquent et volent son code fractal, le changeant en Digi-Oeuf! Les enfants se sauvent des méchants guerriers et rencontre Grumblemon de nouveau. Junpei trouve le B-Spirit of Thunder (l'esprit de la Bête du Tonnerre et changes Gumblemon en Oeuf, prenant ainsi son H-Spirit, et donnant à Izumi le H-Spririt of Wind que Grumblemon avait volé.

Les D-Tector des garçon se font voler et Ranamon (Lanamon) trouve son B-Spirit of water (l'esprit de la Bête de l'Eau), un peu après que Izumi ait trouvé le B-Spirit of Wind (l'esprit de la Bête du Vent).

Les enfants parviennent éventuellement à reprendre leur D-Tectors et Tommy trouve le B-Spirit of Ice (l'esprit de la Bête de la Glace).

Une couple d'aures aventures arrivent à travers cela, et les digisauveurs vont sur le continent of Darkness (continent de la Noirceur) où ils se battent contre Arbormon. Le B-Spirit d'Arbormon (l'esprit de la Bête du Métal) se fait voler par Kouchi et Duskmon tue Arbormon, et prend son H-Spirit (de Métal).

Les enfants tentent de vaincre Duskmon mais ne sont pas de taille. Quand Duskmon voit Kouji blessé, cela cause une étrange sensation en dedans de lui. Duskmon lance une vague de noirceur qui les couvre tous et les sépare du même coup. Takuya embarque sur Dark Trailmon et retourne dans le vrai monde, désespéré.

Dans le vrai monde, Takuya réalise quelle est sa destinée et retourne dans le monde digital.

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